En esta fase del proyecto se ha reformado la parte antigua de la estación, completando la ampliación del ancho del andén central pasando de 5,20 a 8,20 metros y colocando nueva baldosa. También se ha incrementado el andén por donde circulan los CIVIS, se ha mejorado el antiguo acceso subterráneo (con nueva baldosa y pintándolo), se han ampliado las marquesinas, adecuado la rampa de acceso para personas con movilidad reducida a la normativa actual y se ha ampliado el parking disuasorio. Además se han instalado cámaras de vigilancia para la seguridad de los usuarios.

En la primera fase se llevó a cabo la ampliación de un primer tramo del andén central, la ejecución de un nuevo acceso subterráneo al andén central con escaleras mecánicas de subida y bajada, además de ascensores; la remodelación del vestíbulo principal, mejorando la capacidad, accesibilidad y tránsito de viajeros; modernización de todas las instalaciones de la estación; la mejora tanto de las vías como de los sistemas de señalización ferroviaria; y la renovación de la pasarela peatonal que comunica con el aparcamiento en superficie y el Parque de Ocio.

Con esta reforma integral se han solucionado los problemas de acumulación de viajeros en hora punta y se ha hecho una estación más accesible y cómoda para los usuarios. Además, ha supuesto mejorar el transito interno de viajeros, aumentar sus accesos y eliminar las barreras arquitectónicas. La inversión total de las dos fases ha sido de seis millones de euros.

A esta reforma hay que sumar la nueva estación de Cercanías de Soto Henares-Hospital que entró en funcionamiento a comienzos de septiembre y que permite llegar del centro del municipio al Hospital de la ciudad en solo tres minutos.

Esta infraestructura ha mejorado la movilidad interna del municipio de forma considerable ya que da servicio, además de a los usuarios del centro sanitario, a los vecinos de los barrios de La Zarzuela, Mancha Amarilla, Cañada, Juncal y Soto Henares, principalmente, además de al polígono Casablanca.